原標(biāo)題:浙江突破AI診斷技術(shù):疑似病例基因分析縮至半小時(shí)
針對(duì)新型冠狀病毒的AI診斷技術(shù),將在浙江大規(guī)模應(yīng)用!2月1日,浙江省疾控中心上線自動(dòng)化的全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)。利用阿里達(dá)摩院研發(fā)的AI算法,可將原來(lái)數(shù)小時(shí)的疑似病例基因分析縮短至半小時(shí),大幅縮短確診時(shí)間,并能精準(zhǔn)檢測(cè)出病毒的變異情況。
達(dá)摩院算法專(zhuān)家顧斐博士在疾控中心基因檢測(cè)分析現(xiàn)場(chǎng)
當(dāng)前,全國(guó)新型冠狀病毒肺炎疫情依然嚴(yán)峻,快速、精確診斷對(duì)于疫情控制尤其重要。公開(kāi)信息顯示,該病毒是基因組序列最長(zhǎng)的病毒之一,全基因組序列全長(zhǎng)29847bp,臨床診斷需要將患者樣本與該病毒基因序列進(jìn)行比對(duì)才能確定診斷結(jié)果。
目前醫(yī)院普遍采用核酸檢測(cè)方法,其只能檢測(cè)到病毒基因的局部。由于病毒存在變異的可能性,對(duì)于整個(gè)基因序列來(lái)說(shuō)這種檢測(cè)方法猶如盲人摸象,一旦病毒發(fā)生變異,就可能出現(xiàn)漏檢的情況。
新型冠狀病毒結(jié)構(gòu)
浙江的全基因組檢測(cè)分析平臺(tái)由浙江省疾病預(yù)防控制中心、阿里達(dá)摩院醫(yī)療AI團(tuán)隊(duì)和杰毅生物技術(shù)公司共同研發(fā)。該平臺(tái)采用不同于核酸檢測(cè)方法的全基因組檢測(cè)技術(shù),對(duì)疑似病例的病毒樣本進(jìn)行全基因組序列分析比對(duì),能夠有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢,并將原需數(shù)小時(shí)的全基因分析流程減少到半小時(shí),大幅提高疑似病例的確診速度和準(zhǔn)確率。
疫情發(fā)生后,達(dá)摩院算法專(zhuān)家顧斐博士立即奔赴浙江省疾控中心,第一時(shí)間針對(duì)新型冠狀病毒基因進(jìn)行特征分析,并推出多個(gè)算法模型。在序列比對(duì)過(guò)程中,達(dá)摩院對(duì)算法增加了分布式設(shè)計(jì),有效提升比對(duì)效率;在病毒序列拼接階段使用分布式設(shè)計(jì)的de Bruijn圖算法,變異病毒也能精準(zhǔn)檢測(cè)。
浙江省疾控中心基因測(cè)序負(fù)責(zé)人孫逸博士表示:“該平臺(tái)基于阿里云的強(qiáng)大算力與達(dá)摩院新算法可以為病毒的解析提供支撐,基于該平臺(tái),未來(lái)還可以在短時(shí)間內(nèi)將檢測(cè)范圍覆蓋整個(gè)確診病例,也為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)打下了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)!